Im Gegensatz zum Riesling liegt die Herkunft des Müller-Thurgau nicht im Dunkeln. Geburtsjahr und Geburtsort stehen fest. Er entstammt Kreuzungszüchtungsarbeiten mit den Sorten Riesling und Silvaner, die Dr. Hermann Müller-Thurgau (1850 1927) aus dem Kanton Thurgau in der Schweiz 1882 an seinem Arbeitsplatz, der königlichen Lehranstalt in Geisenheim am Rhein, durchführte. Unter den entstandenen Sämlingen hat Müller-Thurgau den besonderen Wert der neuen Kreuzungen schnell erkannt. Nach seiner Rückkehr in die Schweiz 1891 wurden dort die besten Exemplare selektioniert und die Rebe mit der Nummer 58 ist der Ursprung aller weltweit angebauten Müller-Thurgau-Reben bis zum heutigen Tag.
In der ersten Hälfte des letzten Jahrhunderts zaghaft, dann aber seit den fünfziger Jahren verstärkt hat er seinen Siegeszug in Deutschland und auch in anderen europäischen Ländern angetreten. Lange Zeit hatte er das zweifelhafte Image einer sehr ertragreichen Sorte, von der man keine besonderen Qualitäten erwarten darf. Seit einigen Jahrzehnten hat man jedoch erkannt, dass bei entsprechender Ertragsbeschränkung und einer der Sorte in besonderer Weise gerecht werdenden Anbautechnik im Weinberg und des Ausbaus im Keller aus dieser Sorte sich wunderbare Weine erzeugen lassen. Das hat sie zur erfolgreichsten Neuzüchtung der Welt werden lassen, deren Wert heute völlig unbestritten ist.
Bekannt ist die Sorte auch unter der Bezeichnung Rivaner (abgeleitet von Riesling mal Silvaner). Zur besseren Unterscheidung bezeichnen wir die Weine dieser Sorte dann als Rivaner, wenn sie trocken ausgebaut worden sind.
Schon immer wurde angezweifelt, ob die beurkundeten Eltern (Muttersorte Riesling, Vatersorte Silvaner) auch die tatsächlichen Eltern sind. Erst mit modernen gentechnischen Untersuchungen war es möglich, dieses Rätsel zu lösen. Heute weiß man, dass die Sorte sozusagen ein „Kuckuckskind“ ist. Anstatt der vermeintlichen Vatersorte Silvaner war es in der Luft befindlicher Pollenstaub der damals in Geisenheim ebenfalls angebauten französischen Neuzüchtung Madeleine Royale (Kreuzung von 1845 aus Burgunder x Trollinger), der die Muttersorte ungewollt und unbemerkt „geschwängert“ hat. Wäre diese großartige Sorte auch entstanden, wenn der beurkundete Vater (Silvaner) auch der tatsächliche Vater wäre? In späteren Jahrzehnten durchgeführte Kreuzungen zwischen Riesling und Silvaner führten nicht zu Nachkommen mit vergleichbar positiven Eigenschaften. Der vermeintliche Fehler erwies sich also als Glücksfall.
